- Fly-DPI: Database of Protein Interactomes for D. melanogaster in the Approach of Systems Biology
蛋白質交互作用網路，提供單一蛋白質廣泛搜尋及專一性蛋白質對交互作用搜尋。
http://flydpi.nhri.org.tw
- Helicobacter pylori- Database of Protein Interactome (hp-DPI)
蛋白質預測交互作用系統，可以協助研究社群找出未知蛋白質的功能與其可能參與的角色
http://dpi.nhri.org.tw/hp/
- Spotlight: assembly of protein complexes by integrating graph clustering methods
整合多種網路拓樸演算法之特點，可快速解析複雜網路中所隱喻的蛋白質複合體，並預測分析其可能參與的代謝路徑與調控功能。
http://hub.iis.sinica.edu.tw/spotlight/
- Hubba 複雜網路樞紐分析器: A Framework of Interactome Hubs Identification for Network Biology
http://hub.iis.sinica.edu.tw/Hubba
