);

台灣生物資訊核心設施

高通量技術發展快速且應用日廣,使得生命科學研究對生物資訊技術的需求日增,我們特以前瞻技術及資源分工的架構,成立「轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施」(Bioinformatics Core Facility for Translational Medicine and Biotechnology Development, 簡稱TMBD 生物資訊核心設施 ),提供全國生物資訊服務。

本核心整合了國家衛生研究院、國立交通大學、國立清華大學、國立成功大學,以及中央研究院等五所機構的生物資訊團隊,專業領域涵蓋功能基因體及轉譯醫學、轉錄體學及宏觀基因體學、癌症基因體學及臨床研究、應用基因體醫學、結構蛋白質體學及藥物應用、生醫文獻探勘及生物標記探索等,能滿足多樣的生物資訊需求。本核心的服務據點涵蓋北中南由總計畫國家衛生研究院設立協調中心,統籌服務管理與教育訓練。子計畫以專業分工,開發新穎工具與資料庫,提供線上服務;並在協調中心的統籌下依使用者需求組成團隊,以客戶為中心(Client-centric),透過與高通量實驗之核心和產業界合作,提供研究人員生物資訊各領域從研究設計、實驗轉介、資料前處理、資料分析到生物意義闡釋的一站式完整客製化資料分析服務。

1. Sequences Assembly and Metabolic Network Reconstruction Tools

  • Metabolic network reconstructions for Bacteria
    http://sb.nhri.org.tw/MrBac/

 

 

 

 

  • Contig Integrator for Sequence Assembly of Bacterial Genomes
    整合各種不同組裝工具所產出的序列,找出相互吻合的序列片段,最後提供一組整合後的基因體序列。
    http://sb.nhri.org.tw/CISA/

 

 

 

 

 

  • A software platform for GEnome-scale Metabolic model Simulation, Reconstruction and Visualization
    開發可針對全基因體的代謝網絡模型進行模擬、重建與及圖形化介面的呈現的軟體平台GEMSiRV。
    http://sb.nhri.org.tw/GEMSiRV

 

 

 

2. Database of Protein Interactomes

  • Fly-DPI: Database of Protein Interactomes for D. melanogaster in the Approach of Systems Biology
    蛋白質交互作用網路,提供單一蛋白質廣泛搜尋及專一性蛋白質對交互作用搜尋。
    http://flydpi.nhri.org.tw

 

 

 

  • Helicobacter pylori- Database of Protein Interactome (hp-DPI)
    蛋白質預測交互作用系統,可以協助研究社群找出未知蛋白質的功能與其可能參與的角色
    http://dpi.nhri.org.tw/hp/

 

 

 

  • Spotlight: assembly of protein complexes by integrating graph clustering methods
    整合多種網路拓樸演算法之特點,可快速解析複雜網路中所隱喻的蛋白質複合體,並預測分析其可能參與的代謝路徑與調控功能。
    http://hub.iis.sinica.edu.tw/spotlight/

 

 

 

 

 

  • Hubba 複雜網路樞紐分析器: A Framework of Interactome Hubs Identification for Network Biology
    http://hub.iis.sinica.edu.tw/Hubba

 

 

 

 

 

 

 

3. Biomedical Resources on Viruses

  • Fluctrl人類A型流感之抗原演化監測系統
    依據病毒株發現的地點及年份加以分類,並針對HA序列片段上每個位點的胺基酸,分析得出每一年份在特定位點上的代表胺基酸。

 

 

 

  • ICES: Identification of cytotoxic T lymphocyte epitopes for swine viruses
    提供國人疫苗研發設計使用
    http://sb.nhri.org.tw/ICES

 

 

 

 

  • ATIVS: analytical tool for influenza virus surveillance
    用來分析血清學數據以及利用流感病毒的表面抗原–紅血球凝集素 HA (hemagglutinin) 來預測病毒的抗原性
    http://influenza.nhri.org.tw/ATIVS/

 

 

 

 

 

4. Primer and Probe Design Tools

  • PDA:Primer Design Assistant
    線上核酸引子設計工具,容許一次單筆或多筆核酸序列資料同時進行線上最佳化分析,均一化所需批次進行的PCR反應條件

 

 

 

  • UPS 2.0: Unique Probe Selector for Probe Design and Oligonucleotide Microarrays in Pangenomic/ Genomic Level
    高專一度的線上探針設計工具,所設計的探針可提高泛基因體(pangenomic)與基因體(genomic)內的雜交專一性。

 

 

 

 

5. Phylogenetic Analysis Tools

  • POWER: PhylOgenetic WEb Repeater
    可反覆執行之序列親緣關係分析工具 : 提供一般序列(Fasta)與比對序列(Aligned sequences) 二種方法來進行核酸或蛋白質序列親緣關係分析,並可即時動態增加或減少序列數目節點。
    http://power.nhri.org.tw/

 

 

 

 

 

 

 

  • PALM: Phylogenetic Reconstruction by Automatic Likelihood Model Selector
    最佳化分子親緣關係分析平台
    自動選擇最佳演化模型之生物分子親緣關係分析平台
    http://palm.iis.sinica.edu.tw/